一些辅助生育学（IVF）专家指出，与试管受精相关联的疾病问题的高发率可以追溯到创造孩子胚胎时所用的卵子的缺陷。研究显示，在做试管受精而备的卵子中平均有42%携带基因变异，这会让创造出来的胎儿难以顺产。为了更方便地获取卵子，医生都要给做试管受精手术的妇女事先服用排卵药物。据英国广播公司报导，实验室里用来创造胚胎的卵子经常会带有基因缺陷。

先天缺陷风险：

美国疾病控制预防中心的流行病专家Jennita Reefhuis博士报告，试管婴儿存在先天缺陷的可能性是普通婴儿的两到四倍。试管婴儿发生先天心脏缺陷的可能性是正常婴儿的两到三倍、天生唇裂的风险是普通婴儿的两倍，先天肠胃缺陷的风险是普通婴儿的四倍。即使风险更高，但这些生理缺陷确实发生在试管婴儿身上的案例依然很少见，且还不清楚风险攀升的致因。

胚胎筛选争议：

试管婴儿技术的初衷并非是通过胚胎筛选“设计”婴儿，达到有选择地决定胎儿的性别，肤色，携带致病基因等目的。反对者认为，完全排除掉仅仅是有可能患上乳腺癌的胚胎，有违伦理道德标准。 也有反对者认为，试管婴儿技术的发展，会让基因筛选在不久的将来愈演愈烈，最终变成从相貌、智力等方面对人类胚胎实现进行筛选，变成名副其实的设计出生的婴儿。该技术已经得到英国人类受精和胚胎管理局（Human Fertilisation and Embryology Authority，简称HFEA）颁发的牌照，可以为患者提供染色体检测筛选服务。

多胚胎几率增加：

胚胎移植并不能保证种一个成一个，医生为了保证成功率，往往想多种几个。因此在试管技术中，双胞胎，乃至多胞胎的现象十分普遍。中国卫生部专门为此出台了操作规范，明确要求，有试管婴儿需求的产妇，35岁以下的，第一次胚胎移植的，只允许移植2个。35岁以上或者不是第一次移植的，最多不能超过3个。但即便是3个，也被认为过多。

赠卵所致伦理争议：

很多无法生育的妇女需要赠卵来进行试管婴儿手术，由于卵源不足，导致有借卵需要的母亲登记排队，其中等待赠卵的最长达四五年之久。2006年之前，不少人通过找亲戚“借卵”等方式获得卵源。 2006年后，卫生部明令任何形式的商业化赠卵和供卵行为，“赠卵”只能限于做试管婴儿的女性剩余的卵子。因卵子来源被严格限定，赠卵试管婴儿手术耗时太长、程序复杂，繁忙的大医院也无法为此付出大量的时间和精力。这就催生了“卵子黑市”。由于缺乏监控，代孕中介为追求利益可能将某一个女性的数个卵子卖给多个家庭，在不知情的状况下，其后代可能出现兄妹、姐弟结婚的人伦问题

副作用相关：

做试管婴儿的第一步便是在严格的操作环境下对女性进行穿刺取卵，而穿刺有时是有损伤的。在穿刺取卵的时候可能会疼痛、出血、损伤脏器，或者大出血，也有可能会引起感染。做试管婴儿需要经济上、时间上的投入，而且容易失败。除了以上做试管婴儿有可能出现的副作用外，做试管婴儿还存在一定的风险，比如试管婴儿的成功率较低，大约是25%--35%，而且试管婴儿的双胎率比较高，可高达百分之十几，双胎的孩子因为重量大，发育不一定很好，而且母亲负担过重，所以可能会出现早产。做试管婴儿有副作用吗？如果35岁以上的女性做试管婴儿，为了提高成功率可移植三个胚胎。有时放三胎以后，还需人为的减成两胎，而在减胎的过程当中会存在风险。

促排并发症状：

卵巢过度刺激症：在取卵后约1周左右，有少许患者出现以下症状：在临床上会表现腹胀、腹水（甚至胸水）、卵巢增大、胃肠道不适、少尿等症状，一旦妊娠该症状会持续二个多月才逐渐消除，这种病人术后禁止使用HCG安胎，并要密切和医生联系。该现象多见于多囊卵巢患者以及一些对药物敏感的人，这种人有几十个卵泡同时发育。

多胎妊娠：

为了提高妊娠成功率，医生移植的数目通常都大于一个，这就存在多胎妊娠的危险。也许患者希望多胎，但多胎妊娠会增加许多风险：如妊娠高血压综合症、流产、死产、早产和低体重儿等。另外，多胎也会给父母带来经济上，体力上和情感上的负担，这些问题会抵消为人父母的快乐。治疗不育的目的是为了获得孩子，为了母婴健康，避免多胎，首先要减少移植胚胎的个数，通常不超过3个。如发生多胎可通过减胎技术将胚胎减少至1～2个。